In 1960 omvattende de Nederlandse populatie van het paapje Saxicola rubetra 2.500-4000 paren. De huidige aantallen liggen ruim 80% lager. Ook vanaf 1990 is er een significante afname. Voor het paapje is een ruim en gevarieerd insectenaanbod cruciaal. Deze vogelsoort is verdwenen uit het agrarische cultuurland en de duinen. Uit recent onderzoek van Wageningen Universiteit en acht andere Europese universiteiten is gebleken dat het gebruik van pesticiden, zoals in de intensieve akkerbouw, een negatief effect heeft op de biodiversiteit van wilde planten, loopkevers en broedvogels. Ook voor een aantal afzonderlijke broedvogelsoorten waaronder het paapje bleken insecticiden en fungiciden de doorslaggevende factoren te zijn. Het voorkomen van het paapje is nu geconcentreerd in hoogvenen, vochtige heidevelden en natte graslanden in het noordoosten van het land (Drenthe, Oost-Groningen, Zuidoost-Friesland). In het Bargerveen nam het aantal territoria af van van 11 tot 18 in de periode 2000 tot 2003 naar 6 in 2009; in het Drents-Friese Wold nam het aantal territoria af van 9 tot 21 in de periode 2000 tot 2003 naar 9 in 2009.