Op de Nederlandse rode lijst van vogels staan alleen soorten die zich in Nederland voortplanten, dus geen overwinterende vogels. De rode lijsten worden eens in de 10 jaar bijgewerkt. De volgende vogelsoorten staan als 'bedreigd' op de rode lijst van 2004: Engelse gele kwikstaart (Motacilla flava ssp. flavissima), Grauwe klauwier (Lanius collurio), Grote karekiet (Acrocephalus arundinaceus), Grote stern (Sterna sandvicensis), Paapje (Saxicola rubetra), Pijlstaart (Anas acuta), Purperreiger (Ardea purpurea), Roerdomp (Botaurus stellaris), Strandplevier (Charadrius alexandrinus), Tapuit (Oenanthe oenanthe), Watersnip (Gallinago gallinago), Zwarte stern (Chlidonias niger). Verdere achteruitgang wordt alleen bij de insectenetende soorten waargenomen. Visetende soorten zoals Grote stern en Purperreiger doen het sinds 1990 opvallend goed.

Op de Nederlandse rode lijst van vogels staan alleen soorten die zich in Nederland voortplanten, dus geen overwinterende vogels. De rode lijsten worden eens in de 10 jaar bijgewerkt. De volgende vogelsoorten staan als 'kwetsbaar' op de rode lijst van 2004: Bontbekplevier (Charadrius hiaticula), Boomvalk (Falco subbuteo), Dwergstern (Sterna albifrons), Groene specht (Picus viridis), Kerkuil (Tyto alba), Koekoek (Cuculus canorus), Kwartelkoning (Crex crex), Nachtegaal (Luscinia megarhynchos), Nachtzwaluw (Caprimulgus europaeus), Patrijs (Perdix perdix), Porseleinhoen (Porzana porzana), Ransuil (Asio otus), Slobeend (Anas clypeata), Snor (Locustella luscinioides), Steenuil (Athene noctua), Visdief (Sterna hirundo), Wielewaal (Oriolus oriolus), Wintertaling (Anas crecca), Zomertaling (Anas querquedula), Zomertortel (Streptopelia turtur). Verdere achteruitgang wordt bij de meeste insectenetende soorten waargenomen. Visetende soorten zoals Dwergstern en Visdief daarentegen doen het sinds 1990 opvallend goed.

In Nederland was de Zilveren maan (Clossiana selene) vroeger een algemene standvlinder, maar nu is hij bijna verdwenen. Deze vlindersoort komt nog voor in het veenweidegebied op de grens van Utrecht en Zuid-Holland, in de kop van Overijssel, in Friesland en op Terschelling. In het verleden bestonden er populaties van de Zilveren maan in Limburg, onder meer op de Brunssummer- en Schrieversheide, in Epen langs de Terzieterbeek en bij de Breukberg en het Heringsbosch. De vlinder kwam ook in Midden Limburg voor, in de Kruispeel nabij Weert, in de omgeving van Vlodrop-Station op de Meijnweg en in het Haeselaarsbroek bij Echt. In deze gebieden kwamen moerasviooltjes (Viola palustris) voor, de belangrijkste voedselplant (ook wel waardplant genoemd) voor de rupsen van de Zilveren Maanvlinder. Ze overwinteren in de omgerolde randen van de bladeren en eten er zowel voor als na de winter van. De belangrijkste eis die de vlinder aan zijn leefgebied stelt is een hoge dichtheid aan deze waardplanten. Er is onderzocht dat er minstens 30 viooltjes per m2 moeten voorkomen. Aan deze eis wordt alleen nog voldaan in moerasgebieden in Noordwest Overijssel, Noord- en Zuid-Holland en Midden Friesland.

Het veenhooibeestje (Coenonympha tullia) was aan het begin van de twintigste eeuw een algemeen vlindertje dat in vrijwel alle hoogvenen en veentjes van de zand- en veengronden voorkwam. Daarna liepen de verspreiding en de aantallen langzaam maar zeker terug. In de jaren tachtig van de vorige eeuw was het nog een vrij zeldzame standvlinder. Hij vloog toen nog in redelijk aantallen in venen en veentjes in Drenthe, Overijssel, de Achterhoek en de Grote Peel. Daarbuiten lagen ook nog enkele geïsoleerde populaties, zoals in Friesland. Daarna ging de soort nog verder achteruit. In 1991 verdween hij uit de Grote Peel, in 1995 uit de Achterhoek. De laatste waarneming uit Overijssel stamt uit 2000. Tegenwoordig is het veenhooibeestje bijna uit het Nederlandse landschap verdwenen. Ook op Europese schaal is het veenhooibeestje een kwetsbare soort die de laatste 25 jaar met twintig tot vijfentwintig procent is achteruitgegaan. Naast zijn beschermde status volgens de Nederlandse flora- en faunawet, staat de soort ook op de Vlaamse, Waalse, Duitse en Britse Rode Lijst.

In Nederland kwam de moerasparelmoervlinder (Euphydryas aurinia) aan het begin van de twintigste eeuw in vrijwel alle schrale graslanden van de voedselarme zandgronden, het veenweidegebied en de duinen voor. Op de zandgronden en het veenweidegebied vloog hij in de blauwgraslanden, in de duinen vloog hij boven nat, schraal grasland en in Zuid-Limburg op kalkgraslanden. Met het verdwijnen van de blauwgraslanden ging het ook bergafwaarts met de moerasparelmoervlinder. De moerasparelmoervlinder is sinds 1982 uit Nederland verdwenen. De laatste populatie bevond zich bij de Meije in het Utrechts veenweidegebied. De moerasparelmoervlinder is verdwenen uit Vlaanderen en staat op de Waalse, Duitse en Britse Rode Lijst. Vlinders die leven in vochtige graslanden en blauwe knoop als waardplant gebruiken zijn inmiddels zeer zeldzaam en beperkt tot enkele kleine populaties in België, Frankrijk en Duitsland. Voor deze vlinders ziet het voortbestaan er in Noordwest-Europa somber uit.

In het schitterende blauwgrasland van de Alblasserwaard van vroeger kwamen plantensoorten voor die hier ooit eens algemeen waren, bijvoorbeeld de harlekijnsorchis (Anacamptis morio), de kievitsbloem (Fritillaria meleagris), het zomerklokje (Leucojum aestivum), de grote ratelaar (Rhinanthus angustifolius), en de spaanse ruiter (Cirsium dissectum). De schoolkinderen liepen toen met armen vol kievitsbloemen langs de huizen in Goudriaan en Groot-Ammers. De zomerklokjes werden gerooid en verkocht. De bonte weidepercelen van vroeger hebben nu plaatsgemaakt voor eentonige graslanden met zaaigrassoorten. Door het verdwijnen van de blauwgraslanden komen twee soorten parelmoervlinders niet meer voor in de Alblasserwaard. Vroeger vloog de oranjetip (Anthocharis cardamines) bij honderden tot duizenden over weilanden. Nu is het witje met de oranje vleugeltoppen voor 99% verdwenen. Ook de prachtige Koninginnepage (Papilio machaon) die ooit zo gewoon was is verdwenen.

Echt duizendguldenkruid (Centaurium erythraea) wordt voornamelijk bestoven door zweefvliegen. Wanneer bloemen echter onbezocht blijven, zijn zij in staat om via spontane zelfbestuiving toch zaden te produceren. De gevolgen van een drastische achteruitgang aan bestuivers op de bestuiving van Echt duizendguldenkruid werden onderzocht in enkele grote natuurlijke populaties van deze soort in de kustduinen (rijk aan bestuivers) en in de Waaslandhaven (arm aan bestuivers). Het onderzoek toonde aan dat de populaties in de Waaslandhaven enkel bestonden uit planten met opvallend kleinere bloemen, die veel beter in staat waren om aan zelfbestuiving te doen zonder tussenkomst van bestuivers. Omgekeerd bleken planten uit de duinen veel minder in staat om in de zweefvliegarme omgeving van de Waaslandhaven optimaal zaden te produceren. Een gebrek aan bestuivers heeft dus invloed op de genetische samenstelling van de plantenpopulaties en veroorzaakt een evolutie naar kleinere, meer zelfbestuivende bloemen, die voor bestuivers minder aantrekkelijk zijn. Omgekeerd blijkt dat in aanwezigheid van voldoende bestuivers juist planten met opzichtige bloemen het meest succesvol zijn.

De poldergebieden rond Gouda en de Reeuwijkse Plassen zijn vanouds bekend om het massaal voorkomen van wilde kievitsbloemen (Frittilaria meleagris L.). In deze streek staan ze vooral bekend als wilde tulpen. Al in de 50er en 60er jaren van de 20e eeuw was zichtbaar dat de soort hard aan het afnemen was. Wilde kievitsbloemen kregen het moeilijk door de veranderingen in het gebruik van het grasland. Het graslandgebruik werd veel intensiever. In de polders Stein-Lang Roggebroek in Reeuwijk werden in het voorjaar van 2011 nog maar een 100-tal bloeiende exemplaren geteld. Ook net buiten de polders Stein-Lang Roggebroek komen nog een 3-tal groeiplaatsen voor van wilde kievitsbloemen. Het gaat om een plekje op een stukje kade in de Krimpenerwaard en een 2-tal groeiplaatsen op kaden in de buurt van Reeuwijk-Dorp en Waddinxveen. Alles bij elkaar groeien hier nog enkele honderden exemplaren. Maar ook hier heeft de soort moeite om zich te kunnen handhaven.

Er zijn bijna 1 miljoen soorten insecten op de wereld bekend. Bijna ieder mogelijk habitat en niche op het land en in of op het zoete water zijn bezet. Slechts 200 soorten leven permanent aquatisch en nog veel minder soorten doen dit in zout water. Veel insecten hebben een belangrijke oecologische betekenis. Honderdduizenden soorten zijn op een of andere manier afhankelijk van bepaalde voedselplanten of bloemen. Op hun beurt zijn tweederde van alle planten ter wereld weer afhankelijk van meer of minder specifieke bestuivers. Zonder die bestuivers zouden sommige planten allang zijn uitgestorven. Insecten zijn ook belangrijke predators van andere insecten. Als roofvijanden hebben ze vaak grote invloed op de aantallen prooidieren die ze consumeren en daarmee zijn ze goede hulpjes bij biologische gewasbescherming. Insecten zijn zelf ook belangrijke voedseldieren voor dieren en planten.

Het voor vogels, en met name merels (Turdus merula), dodelijke Usutu-virus waart rond in de aan Nederland grenzende deelstaat Nordrhein-Westfalen. Het oorspronkelijk uit Afrika stammende Usutu-virus heeft in 2011 een derde van de merel populatie in Duitsland vernietigd, en er zijn aanwijzingen dat het virus zich nu richting Nederland verplaatst. Sinds de eeuwwisseling hebben zich in ook Oostenrijk, Zwitserland en Hongarije uitbraken van Usutu voorgedaan onder vogels. Het virus kan via muggenbeten op mensen worden overgebracht, maar er is nog slechts een geval bekend van een menselijke besmetting in Italie in 2009.